Bảo tàng có hầm tránh bom sâu 4 m dưới lòng đất

Công trình do kiến trúc sư trưởng đầu tiên của Sài Gòn là Alfred Foulhoux (1840 - 1892, người thiết kế Bưu điện Sài Gòn, Tòa án nhân dân TP.HCM) thiết kế, hoàn thành năm 1890.

Trước năm 1945, nơi đây là chỗ ở và làm việc của các vị Phó toàn quyền và Thống đốc nên được gọi là Dinh Phó soái hoặc Dinh Thống đốc. Năm 1954, dinh được quốc trưởng Bảo Đại đổi tên là Dinh Gia Long (vị vua đầu tiên của triều Nguyễn).

Đầu thập niên 1960, thời tổng thống Ngô Đình Diệm, để đề phòng đảo chính, dinh được xây thêm hầm tránh bom, được đúc bằng bê tông cốt thép rất kiên cố, sâu dưới mặt đất 4 m phía sau dinh (mé đường Lê Thánh Tôn ngày nay). Hầm có 4 cửa bằng sắt tấm nguyên khối nối với phòng làm việc của ông Diệm, có lối thoát ra đường Pasteur và Nam Kỳ Khởi Nghĩa.

Công trình mang phong cách Phục hưng ⁽*⁾. Đầu tiên, nơi đây định làm Viện Bảo tàng Thương mại triển lãm sản vật của Nam kỳ nên hai bên cửa chính có hai cột trang trí bằng tượng nữ thần Thương nghiệp và Công nghiệp (đã bị phá bỏ và thay bằng mái hiên vào năm 1943). Hiện tại, trên đỉnh mặt tiền công trình vẫn còn đầu tượng thần thương mại Mercury (theo thần thoại La Mã), đầu cột tạc đầu chiến binh, trên cửa sổ có đầu sư tử. Phù điêu, chi tiết trang trí như chim ó, rắn, cá hóa rồng, cá sấu, bồ nông ngậm mồi, hoa lá… là sự kết hợp giữa các biểu tượng trong thần thoại Hy Lạp, La Mã và sinh, động vật bản địa, biểu trưng cho sự trù phú, sức sống của Nam kỳ. 

Ánh sáng tự nhiên từ các khung cửa kính lớn được thiết kế tinh tế, rọi xuống chiếc cầu thang lớn nơi sảnh chính tạo thành điểm nhấn đặc biệt của công trình - nơi trở thành góc chụp hình cưới "kinh điển" của người dân TP.

⁽*⁾ Khởi phát tại Ý từ thế kỷ 15, tái khám phá những giá trị cổ điển của kiến trúc La Mã và Hy Lạp: đề cao tỷ lệ, nhấn mạnh tính đối xứng, oai nghiêm, sử dụng hệ thống thức cột cổ điển…